佛鳄龟可以深水饲养，不过对于体型有一定的要求，小龟最好不要深水饲养，容易出现难以出水面换气，导致出现溺水的情况。在佛鳄龟的体重达到1斤重时深水饲养，则一般没啥问题。

但是在刚开始深水饲养佛鳄龟的时候，也需要保证它能够将头部伸出水面，否则对佛鳄龟的健康有一定影响。并且深水饲养期间，还需要在龟缸里面布置陆地当做休息台。

不过深水比浅水更容易换水，在饲养期间需要注意定期换水，至少需要每间隔3～5天时间换一次。另外，喂食需要尽量投在佛鳄龟正上方，避免食物落下缸底。