毎年4月-6月份是黄辣丁鱼自然繁殖的季节，雌鱼个体较小，雄鱼个体较大。

主要繁殖区域在水位浅、底质硬、有一定滩脚、透明度高、水流缓慢、饵料资源丰富等适宜筑巢孵化的水域。

性成熟的雄鱼会用嘴拱地形成小坑来营造巢穴，等待雌鱼前来产卵，雌鱼入坑排卵后雄鱼会喷淡黄色雾状精子与雌卵受精。

黄辣丁鱼受精卵呈扁圆形、淡黄色，卵膜透明，卵径2毫米左右

卵受精后，雌鱼离去，雄鱼会一直在巢穴守护，等待孵出小鱼。