医保卡挂号费一般是在挂号处直接扣除的，不论是门诊收款处还是急诊收款处，都可以直接扣除，无需输入密码，也不需要其他多余的操作，扣除的费用是医保个人账户的费用，并不是医保卡附属的银行卡内的费用，可以通过当地人社app或医保app进行扣费查询。

随着手机的普及和电子医保卡的逐渐应用，通过医院的挂号平台直接预约挂号也是可以从医保卡内直接扣除费用的，此时会应用到电子医保卡，没有的可以通过当地人社、医保app自行申请一个备用。