微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）表现为同一微卫星位点在不同个体之间或者同一个体的正常组织与某些异常组织之间重复单位的数目不同。

造成MSI的主要原因是DNA错配修复（mismatch repair，MMR）功能缺陷。根据MSI不稳定性和程度，可分为微卫星高度不稳定型（MSI-H）、微卫星低度不稳定型（MSI-L）和微卫星稳定型（MSS）。