商务局与市场监督管理局都是直接影响市场经济的政府职能部门，商务局主要是从宏观服务调控方面，对整个市场经济行业规范发展。

市场监督管理局履行市场经济主体单位市场准入监督职责，侧重市场主体单位，尤其是具体企业的经营行为合法权益的监管。

两部门有协作，有分工，商务局重政策引导，市场监督管理局重个体，有技术规范和行政执法律责任。