灯眼鱼的发光原理在于它们的体内生存着一种独特的发光菌体，这种菌体与鱼本身是共生关系，它们依靠吸收灯眼鱼内部的养分为食。

也可以认为，灯眼鱼和发光菌落是互惠互利的关系，据说，灯眼鱼的主要捕食方式就是依靠眼睛附近的发光体吸引猎物。