自然人扣缴客户端修改密码流程：首先公司的法定代表人在手机应用软件下载个人所得税APP，以自己信息注册并登录，右下角点击个人中心，找到企业办税权限栏目，点击办税权限，输入要设置的密码即可。随后在电脑上自然人扣缴客户端就可以登录了。