这两者的区别在于：

(1)加工轴数量不同：水刀三轴的加工轴是三个。但是，水刀五轴的加工轴是五个。

(2)水刀结构不同：水刀三轴的结构简单，它有三个驱动轴。但是，水刀五轴的结构复杂，它有五个驱动轴。