在矩阵组织结构中，为避免纵向和横向工作部门指令矛盾对工作的影响，可以采用以纵向工作部门或以横向工作部门指令为主的矩阵组织结构模式，这样也可减轻该组织系统的最高指挥者的协调工作量。

当矩阵组织结构中的横向与纵向工作部门的指令发生矛盾时，由该组织系统的最高指挥者进行协调或决策。