1、药效不同

宏观地说，合格的农药乳剂、微乳剂，如果含量相同、使用时的稀释倍数相同，其药效差异不大。不过从微观角度分析，因为微乳剂中有效成分粒子在水中最小，而且其中乳化剂的含量远高于乳剂，其药效一般较好乳剂中含有大量的有机溶剂，往往对有效成分有增效作用，效果次之。

2、药害不同

微乳剂中含有大量的水，对植株的药害往往较之同样有效成分的乳剂轻一些乳剂往往对幼嫩的花果有加重药害的作用。

3、污染程度不同

微乳剂是用水做主要溶剂，比乳剂环保乳剂含有大量的有机溶剂，会污染环境。