公安出入境管理局机关后勤星期六星期天是按照国家机关作息时间规定，应该属于休息，所以对公民申办出入境护照或办理有关出入境事务有影响，但对于机场，口岸，海关等机构，办理出入境业务不受影响，出入境工作人员应该正常上班工作，或实行轮休。