三尖叉齿兽的化石发现于南非、南极洲，地质年代为三叠纪早期，约2亿4800万到2亿4500万年前。三尖叉齿兽的化石地理分布，显示这两个大陆在当时彼此相接。

三尖叉齿兽的属名在古希腊文意为“三叉的牙齿”，意指其颊齿形状。在某些文献里，其属名曾被误植为“Thrinacodon”。