区别是:杭港和杭铁两个公司类型不同、经营内容不同、运营机构不同。

杭州市地铁集团有限责任公司，是杭州市政府直属企业，由杭州市人民政府出资组建，实行地铁建设、运营、管理一体化管理模式。杭州杭港地铁是杭州市杭州地铁集团有限责任公司，和香港知名上市公司，即香港铁路有限公司，在杭州共同创建的企业。其性质为中外合资。