1、权力不同：
事业部制结构是在最高领导层集权的基础上，按业务分类并设立若干从事不同业务的事业部门，各事业部门在最高领导层和有关职能部门的总体决策下，分别实行相互独立的领导和管理。这样，整个组织的方针确定和控制是集权化的，具体的方针与运用则分权化。
M型组织即事业部制组织结构，事业部是在公司统一领导下，按照产品、地区或顾客划分的进行生产经营活动的半独立经营单位。
2、结构的特点不同：
事业部制结构特点是各事业部门有较大的自主权，可以充分发挥各自在管理中的主动性和积极性，同时，各事业部门及其下属部门又可在最高领导层的统一领导下有秩序地活动，从而保证了组织整体活动的统一性。
M型组织特点是按产品来划分，有较大的自主权，自己下设市场部、生产部等，但下设各事业部不是完全子公司
主要表现在两方面：一方面是有些事务还是全公司管，如有的大公司实行后勤的统一支持，有的实行财务系统的统一处理，当然信息基础的统一更是其特点其二是它有为全公司服务或管理的义务。
