区别在于：

1、含义不同：财务预算是对单位预算经费执行情况的总结工程预算是对单位所完成的各类大小工程在竣工验收后的最后经济审核，包括各类工料、机械设备及管理费用等。

2、目的不同：财务预算目的是提高单位财政经费的使用效益工程预算目的是确保国家基本建设工作的正常开展。

其中财务预算和工程预算同属于单位决算工作的内容之一，工程决算的对象是单位的工程项目，财务决算的对象是单位的收支预算项目。