大多数飞碟云和周边的地形有关，一般是由于气流过山的过程中形成了山脉背风波，背风波向下游传播，形成的上升和下沉气流共同作用，从而形成了飞碟云。也有部分飞碟云是由于锋面到来前的波动导致的。

大多数飞碟云的出现表明当时的大气条件比较稳定，预示着未来是晴好天气。但如果它是冷锋带来的，比如日本富士山附近的荚状云，则往往预示着暴风雨天气。