水环境综合治理属于各级环保部门。目前，各级环境保护部门担负着水利，空气，土地等等的各项污染治理任务。

无论是厂矿企业的建设，还是土地环境的治理或者是对当地空气质量的评估，都是由环保部门负责牵头，以各项环境治理的标准来，对这些项目的实施进行评估，保证环境卫生达标，才能发放环评达标通知书，以保证水环境符合要求。