农田退水中核心的污染因子是氮、磷、矿质养分及少量土壤有机物。这些物质存留在土壤中是养分，一旦流失到水体中，就可能造成水体总氮、总磷、COD等浓度上升，导致水体富营养化，甚至造成严重污染。

2010年全国污染源普查数据显示，农业面源污染对水体中COD、总氮、总磷的贡献率分别为56%、41%、62%。随着我国工业和城市生活污染排放的控制成效越来越大，农业面源污染的比重还会进一步凸显。