牧神记小说中南帝最后的结局是死在了不死天皇的手中。

牧神记小说中南帝在仙界开启圣战的时候被昊天神帝派往北泽长城抵挡不死神教的进攻，随后南帝在北泽长城遇到了不死天皇的进攻，两人在大战三百回合后南帝不敌不死天皇最终死在了不死天皇的手中。