船用燃油辅助蒸汽锅炉的原理比较简单，就是通过燃烧后加热炉水，炉水蒸发成蒸汽，由蒸汽将热量带给需要加热的设备。具体的工作流程为：

船用燃油锅炉先由装在炉前的电动油泵向炉膛（炉胆）内喷油，同时鼓风机将空气送入炉内助燃，油在炉膛内基本燃烧完毕，高温火焰和烟气中部分热量通过辐射方式经炉胆壁传给炉水，未燃烧的由和烟气至燃烧室继续燃烧其剩余部分，然后顺烟管流至烟箱，最后从烟箱排至大气，烟气在流经烟管的过程中，不断地通过对流传热将热量传给外围的炉水，炉壳中也不是全部充满水的，水面只需比蒸汽受热面高一些即可。