机构部是企业内按职能职责不同所设的部门。公司部是集团公司按不同产品类型，不同生产环节所设的独立核算，自负盈亏的单位。两者区别1.性质不同。机构部是企业内部机构，属于公司统一经营管理。公司部是经工商行政登记注册的独立个体，属于独立核算的企业。