二者的主要区别如下：

第一、 青尾鲴和白甲鱼的科属种类不一样：其中青尾鲴是鲤科圆吻鲴属而白甲鱼是鲤科白甲鱼属。

第二、 青尾鲴和白甲鱼的外形不一样：其中青尾鲴鱼体长形，头小，吻突出口下位，横裂，下颌有很发达的角质缘鳞小，侧线完全背鳍起点约在体中，与腹鳍起点相对，硬刺粗壮、光滑尾鳍深叉形而白甲鱼是鱼体纺锤形，背部在背鳍前方隆起，尾柄细长。头短而宽，吻钝圆而突出，在眶前骨分界处有明显的斜沟走向口角。口下位下颌具锐利的角质前缘。唇后沟仅限于口角须退化，仅在全长10厘米以下的幼鱼有2对须或1对须。背鳍外缘略内凹，具有1根后缘有锯齿的粗壮硬刺，其尖端柔软尾鳍深叉形。鳞中等大，胸腹部鳞片较小。背鳍和臀鳍基部具有鳞鞘，腹鳍基部有狭长的腋鳞。

第三、青尾鲴和白甲鱼的颜色也不一样：其中青尾鲴体背深黑色，腹部银白色，体侧有十余条黑色斑点组成的纵条纹，背鳍、尾鳍灰黄色，尾鳍边缘黑色，偶鳍基部黄色而白甲鱼的背部青黑色，腹部灰白色，侧线以上的鳞片有明显的灰黑色边缘背鳍和尾鳍灰黑色，其它各鳍灰白色。