印迹法则是将基因组DNA经限制性内切酶酶解、琼脂糖凝胶电泳分离，使DNA片段按分子量大小排列在琼脂糖凝胶上。

经碱处理凝胶使DNA变性，通过具有一定盐离子浓度溶液的毛细管作用，将凝胶中变性的单链DNA片段原位地吸印到硝酸纤维素滤膜或尼龙膜上，经过干燥或紫外线照射处理。

单链DNA片段的极性基团与支持膜上的基团结合而使DNA分子牢牢地固定到转移膜上，转移后的单链DNA分子与32P或35S标记的DNA探针按互补原理进行杂交。

经放射自显影对特定位置上显现的特异DNA片段进行分析。