有很大区别，前者是股东和非股东的协议，后者是股东之间的协议，股权转让协议是股权转让的出让方和受让方就股权转让价格等有关事宜协商一致后面的协议。

而股东协议是指公司股东之间就股权合作等事宜的协议，如股东投票表决一致行动协议、股权代持协议等。