1、两者设立的目的不同

非营利性组织以促进公益事业为宗旨，不以营利为目的，不追求投资的经济回报。营利性组织以营利为目的，追求利润最大化，追求投资的经济回报。

2、两者资金的来源不同

非营利性组织的资金来源主要有：政府出资或资助社会的捐赠承担政府、企业和其他社会组织和个人委托的项目而收取的费用经过管理部门的批准，为社会提供有偿服务以及其他合法收入。