上海第九人民医院南院即总院，位于上海市黄埔区制造局路639号，新门诊部也是位于黄埔区的瞿溪路500号。另外，在宝山区漠河路设立了北院，在浦东新区严镇路设置了东院。上海九院前身叫伯特利医院，创建于1921年，由中国医学界最早留美的女医师石美玉创立，1952年改名，1964年正式成为二医大附属第九人民医院，系三等甲级医院。