鼠壳龟粿的配料主要有糯米粉、鼠曲草、生油、馅料等，做工烦琐且讲究。首先，将从山间、田埂采集回来的鼠曲草嫩苗洗净，经过开水焯完后，放到石臼上按一定比例和糯米粉混合捣碎，这个步骤往往需要年轻力壮的男子来进行，经过二三十次的锤砸后，捏成绿颜色的糯米粉团。
接着将一块块糯米粉团放入开水中焯熟（不少地方也有蒸熟的做法），捞出晾干后再放入石臼中捣砸，这时候的力道要掌握得当，因为粉团表面抹上了一层花生油极易滑出石臼。再次捣砸二十几次后，粉团就和好了。
村民一般会先把馅料准备好。鼠壳龟粿以咸的馅料居多，常有干萝卜丝、香菇丁、肉丁、虾米、笋干等等。馅料炒制好后，捏一团和好的粉团，将馅料均匀地包进去。之后，闽南乡村常见的“龟印”就该出场了。
