鳄雀鳝的外形看起来不像是现代鱼类也不是没有原因，它们的历史最早可以追溯到一亿多年前的白垩纪早期。

鳄雀鳝祖先的祖先，金格莫迪。

其祖先作为根鱼家族中的古老成员，最早在三叠纪出现，不过在后来的演化过程中有不少家族成员已经灭绝。

如今鳄雀鳝是保留下来的为数不多的根鱼种鳞骨科鱼，所以它们也被视作原始鱼类的活化石。