昌吉州的主要河流包括玛纳斯河。木垒河以及开垦河和白杨河以及中葛根河。从总体上说，昌吉州西部的河流数量比东部河流的数量更多。而东部地区的河流的流水量要比西部地区的流水量更大。这些河流作为创建中的主要河流，灌溉着昌吉州的重要农田资源。