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采收的洋葱经干燥处理后，能贮存较长时间不会发芽或霉烂。但未经干燥处理或存放不当，也会发芽或腐烂，通常洋葱在15摄氏度左右最容易发芽。发了芽的乃至长出青苗的洋葱不会产生有害人体的物质，故仍可以吃。

洋葱发芽后鳞块部分的营养物质会转移到顶部供芽生长，致使营养成分下降。另外，洋葱发芽后会影响其商品价值，其味也较辣。所以，应将洋葱置于阳光下晒一段时间，然后放在通风干燥处，尽量避免其发芽。