网传有两种起源说法。

第一种说法是最早起源于孙思邈的《千金翼方》

藿香正气水，最早作为藿香正气散，被鼎鼎大名的“医圣”孙思邈，收录于《千金翼方》当中。

第二种说法是最早收录于宋代的《太平惠民和剂局方》一书中。

到宋代，藿香正气散的药方被收录于的《太平惠民和剂局方》（公元1151年），本书为宋代太平惠民和剂局编写的中医方剂学著作，是全世界第一部由官方主持编撰的成药标准