南通大学建有5个一级学科博士学位授权点，二级学科博士学位授权点有20余个，其中，一级学科博士学位授权点包括:医学类的基础医学、临床医学、卫生与预防医学、特种医学，工学类有信息与通信工程，另外还有3个博士后流动站，包括基础医学、临床医学、信息与通信工程。