用专用水垢清洗剂循环清洗，可以选择钙而西康或者克垢，使用时注意先查看使用说明书。清洗时间长短很重要，不然会腐蚀系统铜管的，清洗后还需酸碱中和以及清水冲洗。清洗水垢完成后，加阻垢剂，阻止水垢的产生。

水垢使水中溶解氧浓度与垢下金属面的氧浓度产生浓度差，从而形成氧浓度差电池，使垢下金属不断腐蚀。同时微生物粘泥也会对金属产生腐蚀，腐蚀的结果会大大增加系统的运行维修费用，缩短设备使用寿命，严重时可使主机提前报废。