网上办理大件运输证的流程如下：

1、注册：申请人登陆跨省大件运输并联许可平台注册，申请人注册地所在省级公路管理机构审核

2、申请：注册审核通过后，申请人凭用户名和密码登陆跨省大件运输并联许可平台，提交申请

3、受理：起运地省级公路管理机构统一受理

4、审查决定：起运地省级公路管理机构组织协调沿线各省级公路管理机构联合审批

5、发证：起运地省级公路管理机构作出准予行政许可的决定的，向申请人颁发《超限运输车辆通行证》。申请通过予以许可的，申请人通过跨省大件运输并联许可系统，自行下载打印《超限运输车辆通行证》。