祁连山没有玛瑙，因为祁连山一带在地质历史上，没有火山活动的记录，至少目前还没有出现有玛瑙石的报道。

玛瑙形成于火山活动后期，热液因富含大量二氧化硅，在一定的空间因降温沉淀而形成，其中若有炭质，则呈黑或黑灰色。若有三氧化二铁则呈红色，有孔雀石呈绿色，有三氧化二锰呈紫色。若沉淀环境稳定，这些热液还会形成水晶，即二氧化硅的结晶体。