上海农学院在其发展中也是几经波折，早在该校还是独立存在的时候，就已经先后经历了停办、复建、验收的过程，最终还是在1999年被上海交大合并，不过比较上交的实力和师资力量比原来的农学院更加雄厚，在合并之后，两校在原有的科研基础上在植物的遗传与育种、动物传染病、预防兽医学、园林学、农艺学等方面的造诣得到了进一步提高，更是将原有的兽医方面的生物技术实验室建立成为市级的重点实验室，可见合并之后，他们的发展得到了进一步提高！