它们最重要的区别是：科研用地一般是划拨，而商业用地则是正常的招拍挂拿地。

科研用地是指独立的科研、勘察、研发、设计、检验检测、技术推广、环境评估与监测、科普等科研事业单位及其附属设施用地。

而商业用地则是指规划部门根据城市规划规定，用于建设商业用房屋的土地，出让后用地的使用年限为40年。