别来无恙还在心上的意思应该是说分别以来你还好吗，没有任何坏的事情发生吧，你一直在我心头。形容两个人有一段日子没有见面了，而他并没有把你忘记，还是很在乎你的。简单的理解，可以说只是一句问候，常用作别后通信或重逢时的问候语。