“祝由”一词出自《素问·移精变气论》，曰：“黄帝问曰：余闻古之治病，惟移精变气，可祝由而已。”句中的“祝由”一词，古今学者都有注解，但大都误释。如唐王冰注：“祝由：祝说病由。”明吴昆注：“祝由：祝说其病由也。”后来无论是《内经》的各种注本，还是中医教材及中医字典、词典，甚至《辞源》等工具书，也大都依从王冰的这一注释。“祝由”是“祝说病由”似乎已成定论。

相传古时治病有十三科，“祝由科”乃是其中一科。