第三部《宇宙战舰大和号》抛弃了第一部“Nautilus号”式的航程和大团圆的结局，舍去了第二部地球保卫战的题材，却突出了人生的价值、生命的和谐、战争与和平的主题。

23世纪初，两个企图称霸银河系的星际国家——比姆拉首相领导的Bolar联邦和迪斯拉总统领导的Galman-Gamilus帝国在交战中，一枚质子导弹误入太阳系。在刮碎了土门龙介父母乘坐的太阳观光船后，导弹射入太阳，导致太阳的核聚变反应加剧，将在1年内发生超新星爆炸，毁灭银河系。