商丘站始建于民国2年（1913年），原名朱集站于民国22年（1933年）更名为商丘站于1984年原址重建2015年10月北站房开工建设2018年2月北站房投入运营。

截至2018年1月，商丘站共设9台23线，南北两个站房总建筑面积21151平方米，其中南站房建筑面积5156平方米，北站房建筑面积15995平方米，设计承载量每小时发送旅客3000人次。