经费来源不同是他们最大的区别。

专项课题也就是说这样的课题可能是纵向的课题，比方说是省里的或者市里的有相关的经费拨款，专门用于课题的研究，而自筹性课题其实就是自己去筹划经费来源的课题，这些课题一般也都是横向课题，也就是同级别的机构给予的经费赞助。