托马斯穆勒的学历是硕士研究生。在拜仁大学里获得硕士学位的托马斯穆勒很快吸引了众多德国劲旅的关注，慕尼黑1860和斯图加特都曾派出球探考察托马斯穆勒。8月15日拜仁慕尼黑对阵汉堡的德甲联赛中，最后10分钟托马斯穆勒替换米罗斯拉夫克洛泽出场，完成了其在一线队的正式首秀。