绿色资本主义的理论基础来自于环境经济学，它是基于经济角度来分析和解决一系列环境问题的一门交叉学科，其基本理论形式由外部性公共产品、产权和其他微观经济学理论构成。从本体论的角度来看，环境和生态系统被认为是一种可以拆分的机械系统，生态系统的任一部分出现的环境问题都可以被独立处理，人们能够运用经济价值的可分离性来分析“绿色资本主义”所面临的环境问题。相比之下，批判这一“经济学帝国主义”倾向的生态经济学的研究主题往往集中于全球生态系统本身。它强调经济系统是整个生态系统的子系统之一，任何一个环节必须放在生态系统这一整体之下处理才是正确的路径。