1、油墨不同:中性笔所采用的油墨为颜料型，耐水、耐晒、不褪色，油墨性质介于油性和水性墨中间。水性笔使用油墨为纯水性，纸对其的吸收性强。

2、笔头不同:中性笔的笔头主要分为子弹头性、全针管、半针管三种笔头，而水笔笔头大多是圆头，如钢珠笔，荧光笔等

3、使用场所不同

中性笔大多用于考试以及文件专用，水笔则用于各种场合的书写文字