两者是相互区别的。

1、全民公决制度还有创制投票和复决投票两种类型。很多方面的问题都可以通过全民公决的方式来决定。而民族自决原则是只针对外国奴役和殖民统治下的民族，进行独立的一种方式。

2两者主体也不同。全民公决制度的主体包括了选民和民族，而民族自决原则的主体只有民族。