三好学生和荣誉证书是有区别的。三好学生是指学生的思想好，学习好，劳动好，也是指学生的思想认识和行为的活动情况的肯定，而荣誉证书则是指对学生思想和行为活动的肯定以书面形式予以表彰和鼓励。三好学生和荣誉证书都是鼓励学生积极向上的，但是形式不同。