阿坝州山势南高北低，河谷地势西北高、东南低，山川呈西北至东南走向。其平均海拔在3500-4000米之间，境内最高海拔四姑娘山主峰6250米，与东侧岷江出境处水平距离仅59公里，高差却达5470米。阿坝藏族羌族自治州境地层出露，受龙门山古陆和古海湾阻隔，形成两大地层分区。