房地产排污许可证办理的流程如下：

1、向环保主管部门提交申请

2、提交申请报告、环境保护设施竣工验收文件材料、排放口规范化整治验收材料、环境管理规章制度等文件

3、主管部门依法审核，发给排污许可证。