据《北京市顺义县地名志》载文称，关于呼奴山名称的由来有三种说法：

一是说“呼奴”是匈奴语“孤涂”的谐音变化，“孤涂”是匈奴语“小”的意思，故当地人称之为“小山”

二是根据《长安客话》记载，“呼奴或谓呼喝匈奴之义”，认为“呼奴”是呼喝匈奴不可犯塞的意思

三是引《水经注》“水不流曰奴，盖以山前潴泽名也”。